10月15日晚上，正当他们打算在“花岗石宫”里休息时，餐厅里响起了一阵急促的电报铃声，电报要求他们“立刻到畜栏来”。他们赶到畜栏，只见桌上有一张纸条，上面用英文写着：沿着新电线一直走。他们走出屋外，看见在畜栏外的一根电线杆旁，果然有一根新电线拖在地上。他们沿着新电线，爬上畜栏所在的山谷，跨过瀑布河，登上高地，攀缘悬崖，直到午夜时分，方才来到海滩上。
在海滩旁的一个洞里，他们发现有一只小船。他们登上小船，沿洞继续向前探寻。在距洞口将近一千米处的湖中心，他们看见一艘长长的、雪茄烟似的潜水船。他们登上潜水船，沿舱口下去，走进一间宽敞华丽的大厅。在大厅的沙发上躺着的，正是他们日夜思念、急于寻找的那个常在暗中帮助他们的神秘人——尼摩船长。
尼摩船长给大家讲述了自己的身世。他原是印度的达卡王子。早年，他曾领导本国人民反抗英国侵略者。失败后，他躲到太平洋的荒岛上，造了一艘潜水船，自称尼摩船长，在海洋深处一藏就是三十年。他热衷于做好事，史密斯他们在岛上的三年里所遇到的神秘怪事，都是他干的。尼摩船长讲完自己的身世后，便安详地死了。大家根据他生前的要求，把他安身的潜水船沉入海底，然后带着他赠送的价值亿万的财宝，回到了“花岗石宫”。