李三才和顾宪成都有着伟大的抱负，但是他们的抱负不一样。顾宪成是道德的追求者和践行者，用王阳明的话说，是“问道德者”。问道德者关心的是过程，是问心无愧。李三才是功名的追求者和践行者，用王阳明的话说，是“问功名”者。问功名者关心的是结果，是成王败寇。顾宪成是道德家，李三才是政治家。所以，顾宪成为人光明磊落，为人处世令人信服。李三才则需要施展阴谋诡计，行事作为自然有争议之处，也必然触犯他人的利益。这样一来，对李三才的批评也多了起来。但是，顾宪成是办事认真而且执着的人，他认准了李三才就要力挺李三才，这就等于引火烧身。此后，凡是反对李三才的，同时也反对东林；而东林诸同志为了捍卫他们的政治楷模，谁反对李三才就是他们的敌人。本来是相互扶持，却变成了相互拖累。
事情到了这一步，矛盾自然也就尖锐起来。因为任何批评、任何表扬，都有其片面性，顾宪成和东林书院同志所批评的人，难道就一无是处？顾宪成和东林同志所褒扬的人，如李三才，难道就十全十美？这些矛盾在对一些具体的人物、事件的态度上形成分野，于是在士大夫中形成了一个又一个与东林观点对立的政治群体。以山东人为主体的被称为“齐党”，以湖广为主体的被称为“楚党”，以浙江人为主体的被称为“浙党”，以南直隶昆山人为主体的叫“昆党”，以宣城人为主体的叫“宣党”，等等。而所有这些“党”，又给东林人士冠上一个名称，叫“东林党”。