三天后，麻原智津夫奉命抵达圣城。调查表明，重生教的宝典《神之书》中并没有关于长勺地狱的说法，那不过是一个底层信徒在宣教时信口开河，随意引用了他曾经听说过的一个故事。这名无知的信徒被秘密处死，麻原智津夫旋即宣布，重生教接管圣城，十天之内，所有原住民离开圣城。跟随麻原智津夫来圣城的，还有五十万忠心耿耿、视死如归、进行严格军事化管理的重生教信徒。拥有100万原住民的圣城进行了坚决的抵抗，但面对重生教强悍的战斗力，抵抗很快变成单方面的屠杀。一半原住民死于非命，一半原住民逃离了已经成为屠场与噩梦的城市，其中相当多的原住民死于流亡途中。麻原智津夫又下令拆毁圣城。
在《圣城的毁灭》最后一段，利伯维尔用最为哀伤的笔调写道：“所有的房子，所有的神像，所有的雕刻，所有的条石和城砖，统统拆走。仅仅半个月，历尽3000年风雨浩劫，曾经屹立不倒的一切，都消失不见了，只剩下一个已经成为禁忌的名字，一段游丝般细微而脆弱的记忆，一场如有若无的梦。”
