朱宸濠发现胡世宁果然像传说中的那样又臭又硬，所以不想在他身上浪费时间。不过他警告胡世宁，在南昌做官，要小心。胡世宁最不怕的就是威胁，1514年，胡世宁在多次向中央政府指控朱宸濠谋反未果后，再上最后一道奏章。他沉痛地指出：“人人都认为江西现在最大的灾难是匪患，但是几个毛贼能成何大事？我确信，不久之后，江西将有大难，那就是宁王府。无论如何都要派人来调查宁王，否则后果不堪设想。”
兵部尚书陆完回复胡世宁：不要杞人忧天；之后，他又写信给朱宸濠：胡世宁诬告你多次，你二人有何深仇大恨？
朱宸濠大怒，他决心除掉胡世宁。他那张越织越密的关系网发挥了能量：胡世宁被调到福建。朱宸濠认为这不足以泄愤，连上三道奏疏指控胡世宁妖言惑众，诬陷皇族。胡世宁霉运当头，去福建上任时转道回浙江老家看望家人。朱宸濠抓住机会指控胡世宁畏罪潜逃，并且命他在浙江的朋友巡抚潘鹏把胡世宁缉拿到南昌来。胡世宁发现问题严重起来，一旦回江西必是老命不保，于是慌忙逃往北京，主动走进锦衣卫大牢。就是在狱中等待死亡时，胡世宁依然三次上书认定朱宸濠必反。朱宸濠动用他在京城的关系网想把胡世宁置于死地，但胡世宁的忠直之名拯救了他。朱厚照出人意料地认为胡世宁罪不至死，将其发配东北。朱宸濠革命失败后，胡世宁才被撤销罪名，回到京城，因多次直言朱宸濠必反的先见之明而为朝野所推重。