江阴起义后，清政府立即派兵前来镇压。全县人民奋勇抵抗，在城郊多次打败清军。全城军民，有钱出钱，有力出力，坚强团结，死守不二。为了更好地打击敌人，陈明遇派人把前任典史阎应元从城外请进城来，一同协力防守。
阎应元是个武秀才出身的猛将，他进城时，江阴已经完全处在清军的包围之中，但是他丝毫也不畏惧。他和陈明遇通力合作，彻底清查全城户口和库存物资，清除内奸、组织民兵，做好了长期抵抗的准备。
8月底，清军大队人马开到江阴城外，发动了一次大规模的攻势。阎应元和陈明遇指挥士兵英勇奋战，打退了攻城的清军，并且打死了清军的主将。9月里，他们又主动出击，消灭了许多敌人。
清军久攻江阴不下，就采取诱降办法。投降清军的将军刘良佐老着脸皮，在城外要求和阎应元答话，想劝说他投降。阎应元声色俱厉地斥责刘良佐，说：“有降将军，无降典史！”粉碎了敌人的劝降计划。在农历中秋节这天晚上，阎应元为了让士兵们欢度佳节，特地举行了祝捷晚会，跟战士们一起在城楼上饮酒唱歌，表示宁死不屈的决心。
清军看到城内坚守不屈，没有投降的意思，又调来了大批精锐的攻城部队。10月10日，清军趁下着大雨，用大炮轰破城墙的东北角，打进城来。在激烈的巷战中，陈明遇壮烈地牺牲了。阎应元杀伤了许多敌人后，投水自杀，没有成功；后来被敌人俘虏，关在一个庙里，第二天也壮烈牺牲了。全江阴的人民，除一小部分突围以外，其余都在巷战中英勇牺牲或在城破后惨遭杀害。