关于琉球的处理问题，无论是军事委员会方面还是国防最高委员会方面，最初提出的方案都主张收回琉球，但同时表示可在这一问题上作些让步。由于琉球群岛与台湾及澎湖列岛情形不同，如美英在开罗会议上对中国的主张坚持异议时，中方可考虑下列两种办法：或将琉球归属国际管理，或将琉球划为非武装区域。11月15日，蒋介石在与高级幕僚商讨琉球问题后作出暂时搁置的决定。蒋介石表示：“琉球与台湾在我国历史地位不同，琉球为一王国，而其地位与朝鲜相等，故此次对琉球问题决定不提。"1943年11月23日至26日，蒋介石与罗斯福、丘吉尔在开罗举行三国首脑会议。期间，蒋介石和罗斯福进行了两次长时间的私下会谈，议题范围广泛，对盟国以后实施的对日政策影响深远。归纳起来主要有以下几方面的问题：
（一）关于恢复中国主权问题。双方一致同意，战后日本将东北、台湾、澎湖列岛归还中国，辽东半岛及大连、旅顺亦包括在内。罗斯福并问，中国是否想要琉球群岛？蒋介石表示，中国愿与美国共同占领琉球，待该地托管时与美国共同管理。关于香港，罗斯福建议中国先行收回，然后宣布与九龙合成自由港。蒋介石由于在中英新约谈判中碰过钉子，希望借助美国的力量，故请罗斯福就此事先与英国商量。罗斯福还表示，中国应作为四大国之一参加此后的国际机构。中方对此欣然接受。