显然，在宗教改革运动初期，神圣罗马帝国与奥斯曼帝国的关系与匈牙利、与法国紧密相关。对于匈牙利，神圣罗马帝国与奥斯曼帝国因为要瓜分土地而进行战争。对于法国，两大帝国都有与之结盟的动机，或同宗教友，或地中海利益，反之，也都有与之为敌的理由，或宗教冲突，或霸权争夺。法国将土耳其人引入欧洲国际事务。宗教改革运动后期，随着匈牙利内部分裂及叛乱的加剧，随着法国与土耳其联盟的结束（1544年） ，神圣罗马帝国与奥斯曼帝国的关系日愈紧张。三十年战争爆发前夕，双方的大规模战争在所难免。
三十年战争爆发前夕的两位神圣罗马帝国皇帝——鲁道夫二世（RudolfⅡ，1552—1612，1575或1576—1612年在位）和他的弟弟马蒂亚斯（Matthias，1557—1619，1609—1619年在位）对于奥斯曼帝国采取了不同的政策：前者坚决打击，后者主张妥协。鲁道夫二世相信，建立一支十字军，不仅可以统一基督教国家，而且可以战胜奥斯曼穆斯林。1593年，借助波斯尼亚求援的机会，鲁道夫二世联合帝国等级、意大利各邦以及罗马教宗等力量，在波兰、匈牙利和齐本彪根的支持下，开始了与土耳其的所谓“漫长战争”（Langer Türkenkrieg） ，或如史书上称谓的“十三年战争”。虽然鲁道夫二世不同意1606年结束战争的《西特瓦托罗克停战协议》（Frieden von Zsitvatorok） ，这是由马蒂亚斯与土耳其人缔结的和约，他想继续战争，但是，这份协议使皇帝停止向苏丹缴纳了65年的年贡，条件是皇帝让出部分边境土地，并一次性支付20万杜卡特。为了维护这份《协议》，马蒂亚斯于1608年联合匈牙利、奥地利和摩拉维亚各等级，组成“普雷斯堡联盟”（Preburge Bund） ，并采取武装行动，向波希米亚进军，迫使鲁道夫二世退位。如此一来，在神圣罗马帝国与奥斯曼帝国的中间地带，皇帝与御弟布开了阵地：皇帝与波希米亚为一方，另一方是马蒂亚斯控制的匈牙利和摩拉维亚。1612年鲁道夫二世去世后，马蒂亚斯继位皇帝，这些地区全部归为他的势力范围。与此同时，土耳其奥斯曼由于陷入与东方波斯萨非王朝（Safavid Dynastie，1501—1736）的战争而几乎完全不能顾及西方战事，神圣罗马帝国借机巩固和加强了其在东欧的势力。