由于即将举行的淮海战役的规模大大超出了粟裕原先的设想，已经成为华东野战军、中原野战军两军共同参加的大规模会战。10月31日，粟裕主动提出请陈毅和邓小平统一指挥此次战役。11月1日，中共中央军委指示“整个战役统一受陈邓指挥”，指挥部署“由陈邓临机决定”。次日，陈邓复电提出，因通讯工具太弱，粟裕方面仍由军委多直接指挥。11月16日，随着战役规模的扩大和形势的发展，中共中央军委电示，中原野战军和华东野战军必须准备在现地作战3个月到5个月，弹药、民工需要巨大，必须统筹解决，指示由刘伯承、陈毅、邓小平、粟裕、谭震林组成淮海战役总前委，以刘、陈、邓为常委，邓小平为总书记，“可能时开五人会议讨论重要问题，经常由刘陈邓三人为常委临机处置一切”。淮海战役的指挥机构于此确定。
淮海战役的关键一役是围歼黄百韬兵团，因为围歼黄兵团且在大范围内调动国民党军，打乱其部署，暴露其弱点，才能有后续的战机。因此，中共中央和毛泽东对围歼黄兵团自始即极为关注，指示粟裕速赴前线指挥，按预定时间发起战斗，力求首战必胜。10月23日，粟裕发出淮海战役预备命令；11月4日，发出战役命令，要求各部按预定部署行动，于6日黄昏向前线开进，8日晚统一发起战斗，“如发现守军收缩集结征候，应不失时机地展开挺进截击，各个歼灭，或就地分割包围，勿使其收缩集结”。11月7日，中共中央军委致电粟裕，指示：“非有特别重大变化，不要改变计划，愈坚决愈能胜利。在此方针下，由你们机断专行，不要事事请示。”由此可见对前方指挥员的高度信任。