与擢新人、黜旧人相近且在某些程度上相重叠的是裁冗署、设新局。这一具有明显的行政体制改革特征的所谓政治体制改革，更加深了清廷内部相当一部分人甚至包括慈禧太后对新政的怀疑与忧虑。他们担心如果一味对新政的政治体制改革采取支持和迁就的态度，可能会损害大清王朝的根本利益，影响满洲贵族在中国政治生活中的地位。这是他们先前之所以支持、同意进行新政改革的前提与先决条件，所以一旦这些前提与条件受到影响，他们自然会收回对新政改革的支持，从而阻止改革的进行。这也是后来政治变动比较直接的原因之一。
按照康有为的判断，中国的一切问题在于政治上没有办法。中国只有在政治上有办法，其他的经济问题、教育问题、外交问题、军事改革问题等，都可迎刃而解。而中国政治上的有办法，在康有为看来，就是参照西方近代国家的政治模式，重建中国的政治体制和行政体制。这是康有为在戊戌年之前数年间的一贯看法。
康有为关于设制度局、新政局的建议实际上是西方近代国家三权分立立宪政体在中国的演变。按照康的设想，制度局主要的职能是议政和制定规则，具有西方近代国家的议会功能；新政局是行政权力中心，是办事机构，凡制度局已经议定的新政事务，皆交给新政局负责具体执行。根据康有为的说法，他之所以建议于内廷仿南书房和会典馆的旧例设置制度局，就是要废弃已有的军机处。他觉得军机处经过数十年的发展演变，已经失去先前应有的活力，对于无例可援、前无古人的新政事业，军机处无法发挥应有的功能。“军机出纳喉舌，亦非论道经邦，跪对顷刻，岂能讨论？”继续由军机处担当议政的功能，显然是不可能，也是不可靠的。至于在总理衙门和六部之外另组行政中心，在康有为看来也是不得已而为之。六部本为行政之官，掌守例而不任出议；而总理衙门困于外交，总理大臣也多为兼职，“簿书期会，刻无暇晷”，根本无法担当推动变法的责任。基于这样的判断，康有为认为不变法则已，要变法，要维新，就必须另组织制度局和新政局。前者担负议政功能，后者担负执行责任。