1932年红军进军漳州，杨立三任军委后方办事处主任兼兵站部部长、政委，领导后方的军事机关创办军工厂、被服厂与医院等，形成部队后方供应基地，并建立了大站、中站、小站相连接的兵站运输线，有力地保证了红军各次进攻战役和反“围剿”战役的供应。中国历史上第一部《中国军事百科全书》，高度评价杨立三“在国民党军对中央苏区进行频繁‘围剿’的艰苦环境中，领导后勤部门保证了部队的运输和供应”。
在长征路上，身为兵站部部长的杨立三为解决部队的食品供应朝夕奔忙。在粮食紧缺的情况下，他总是为后续部队留有一定数量的粮食。红军三大主力会师到达陕北后，为打开西北革命局面，毛泽东等决定成立中国工农红军西北革命军事委员会(即西北军委，毛泽东任主席)，杨立三担任了军需保管处处长、粮秣队队长、红军总医院院长、兵站部部长兼政委、抗大校务处处长等职务。
