段祺瑞在天津设军务总参谋处，策划武力倒黎。时称“府（总统府）院（国务院）之争”。
1917 年6 月，安徽督军张勋奉黎元洪之召，以十三省军事同盟“盟主”身份，从徐州率兵进京“调停”。张勋入京后，逼迫黎元洪解散国会，并将黎元洪驱走。7 月1 日，张勋伙同康有为等拥立溥仪复辟，但遭到全国人民反对。
段祺瑞也以反对复辟为名，誓师讨伐张勋。7 月12 日，张勋兵败，段祺瑞重新出任国务总理，拒绝恢复《中华民国临时约法》和国会。
现实使孙中山认识到，段祺瑞等人不过是借假共和之名行专制之实。7 月19 日，孙中山以“拥护约法、恢复国会”为号召，率领驻沪海军、部分国会议员到广州。同时，孙中山致电段祺瑞，揭穿他非法复任国务总理的伎俩。但是，段祺瑞对孙中山的警告置若罔闻，他自认是“再造共和”。
8 月，皖系政客徐树铮、王揖唐等在北京安福胡同组织俱乐部，贿买选票，包办选举，成立“国会”（时称“安福国会”），操纵选举，选举徐世昌为“总统”。