在阿萨德控制了武装部队的大部分指挥权之后，他又将权力之争转移到党和政府机构。在他的策划下，总理优素福·扎因和外交部长易卜拉欣·马克胡斯被逮捕，在内阁的改组中，阿萨德的亲信被任命关键性的职务。1969年2月派他的亲信接管党和政府的宣传机构：《复兴报》、《苏拉报》和大马士革电台。
阿萨德的这些行动引起了以党总书记贾迪德为首的文官派愤怒，他们谴责军方的反党“叛变”，要求召开党的地区代表大会，以制止阿萨德藐视党的领导。虽然党的地区代表大会于1969年3月在大马士革召开，贾迪德极力阻止阿萨德夺取最高权力，要求阿萨德必须在国防部长和空军司令的职务中辞去一职，但遭到阿萨德的拒绝。
政变的导火线
阿萨德与贾迪德几乎在所在国家大事的处理上均处于对立状况，在对待巴勒斯坦民族解放事业上也是意见截然不同。这种局面总不能长期下去，阿萨德决定利用自己掌握的军权发动政变。1970年9月开始，驻扎在约旦境内的巴勒斯坦武装力量与约旦军队发生冲突。以贾迪德为首的叙利亚政府决定支持巴勒斯坦解放组织，并派遣叙利亚军队前往助战。