事业如日中天时，为何有如此转折？林清玄回忆说：“如果一个人用了一辈子得到这些成就，倒也没什么，但对于我而言这过程太浓缩了，过早登顶让我觉得前途茫茫，不知该往何处。那时我看到了印度的《奥义书》，它改变了我整个人生，到现在也是我的床头书。里面说一个人到了30岁，要用全部时间来觉悟，不觉悟的话，就是步步走向死亡之路，这让我大为震撼。”
“觉悟到底是什么？起先我也不知，当时没有电脑网络，我只能查字典。其实这个词并不像大家所想的那么高深，拆开来看，觉是学习看见，悟是我的心，原来觉悟就是真正读懂自己的内心。”从此，林清玄的笔下开始有了更多的感悟与分享。《寻找心灵的故乡》等书使不少迷惘的年轻人找到了精神家园，《漫步人生的花园》等书更让他赢得了“心灵导师”的美誉。如今，过了天命之年的林清玄更加洒脱，“现在是一种没有计划的创作，一种自由的境界”。
从这时开始，林清玄转向佛法，寻求解脱现代人心灵痛苦的真谛，并把“法喜”以生花的妙笔写出来和世人分享。一些迷惘的年轻人在《寻找心灵的故乡》等书中找到了“精神家园”和“希望之光”。而此后的《漫步人生的花园》、《走向光明的所在》等书，使林清玄赢得了“精神导师”的美誉。