这真是一场空前的海战。双方投入的水兵总兵力达四万有余，五百余艘舰船，有的冲，有的堵，往来周旋，杀声覆盖了涛声，七十余艘战舰起火，在海面上噼噼啪啪地燃烧，不时有舰只沉没下去。起火的船挤在一起，双方的水兵纷纷跳海，在水里厮杀格斗，鲜血染红了大片的水面。直杀到黄昏时分，清军才占领了鹿耳门港口，夺取了炮台，只有滩头阵地尚在郑家兵手中。
上了当的刘国轩眼见没了退路，便命剩余的三十多艘舰船集中起来，仗着熟悉水势，一边与蓝理周旋，一边向施琅逼去。蓝理救人心切，率舰队穷追猛打，却不防被引至浅水滩，二十艘舰船一眨眼工夫就搁浅了十五艘，余下的几艘慌忙逃避，早被刘国轩的大炮掀翻在海里。刘国轩仗剑哈哈大笑，对左右道：“虽然战败，活捉了施琅也是一功！”又指着蓝理大声喊道，“姓蓝的，可笑你一介武夫葬身于此！鹿耳门几十年才涨一次潮，你就是哪咤再世也救不了你家主帅。你和施琅熬得过今夜，过不了明日鬼门关！”说着便命令道，“水上结寨，明日活捉了施琅，退回台湾再战！”
姚启圣上岸第一件事便是带着吴英上炮台，下边滩头还在郑氏军手中，再远一点海面上，搁浅着施琅和蓝理的舰船。炮台上的炮都是固定好了的，专打海面上的船，倒不能用来压制滩头上的火力，吴英便命兵士们将炮的后身垫高，将射程拉近到海滩上。上了岸，姚启圣的晕船毛病儿好了。他握着望远镜，向海面上看了半晌，踱到吴英跟前，嘴唇嚅动了一下，轻声叫道：“吴总兵。”