蒙古许多文学、历史著作也受黄教的影响，如著名的《大黄史》、《蒙古源流》等均以佛教思想贯穿全书，甚至篡改历史事实以适应佛教理论。
蒙古的翻译工作，也因黄教传入而有了新的发展。俺答汗从西藏请来几百名喇嘛，让他们翻译藏文和汉文的佛教经典。17世纪初藏传佛教经典《甘珠尔》全部被译成蒙文，称得上是蒙古翻译史上的空前壮举，是蒙、汉、藏各族学者共同努力的结果。在翻译过程中，许多藏文词汇为蒙文所吸收，丰富了蒙文的词汇。
为了维护藏传佛教的崇高地位和上层喇嘛的利益，蒙古族各部首领还制定法律、法规，如著名的《俺答汗法典》和1640年的《蒙古—卫拉特法典》就肯定了佛教和达赖喇嘛的神圣地位。
随着黄教在蒙古地区的传播，藏医、藏药也随之传入蒙古族地区。著名喇嘛咱雅班第达还将藏医的《四部医典》译成托忒文。由于吸收了藏医、藏药和汉医、汉药，蒙古医学取得了巨大发展，形成了新的蒙古医学。因此，研究蒙古医学史的学者，都把明代作为蒙古医学史的新时期。