成吉思汗的陵寝在“马背”上的原因还有一种说法认为，主要是因为古代蒙古族特殊的葬制造成的。在各民族发展早期，这种“有墓无冢”、“有墓无坟”的葬俗在许多民族都有出现。如南方一些地区的黎族、怒族、哈尼族、拉祜族等民族直到近代还保持着类似的葬俗。蒙古人作为草原民族，没有肉身崇拜的传统。认为人的肉身来自于大自然，去世了也应该回归大自然。人去世实行土葬、水葬、天葬。因此，在成吉思汗陵中不可能保存他的遗体。《黑鞑事略》一书中记载蒙古人“其墓无冢，以马践蹂，使如平地”的习俗，讲到的就是蒙族实行土葬，但在地面上不留坟冢、碑记一类的标志物。元末人叶子奇的《草木子》一书也同样描写了蒙古贵族实行秘密潜埋的葬制习俗。他们死后一律被送到漠北墓区深埋，埋毕用万马踏平，待草长之后再解严。
还有一种说法认为成吉思汗选择秘密藏身的方式可能还有保密的目的。成吉思汗的一生是在马背上度过的，他生前率领蒙古铁骑横扫亚欧大陆，威震四海。但也使不少民族遭到了灭顶之灾，不少人对他可说是十分仇恨。成吉思汗清楚地知道除了政治上或民族仇视的因素，还有不少人会为了盗取王者墓中的宝藏而使他的墓葬遭到野蛮毁坏。成吉思汗不愿意自己身后也遭此厄运，因为在蒙古人看来，人的遗体一旦被挖掘，他的灵魂就难以超生。所以他选择了秘密藏身的方式，不希望成吉思汗的陵墓被找到并被挖掘。