这在当时的中国，如何能说得明白？于是圣祖大怒，将多罗押还澳门，令葡萄牙人看管，而令教士不守利玛窦遗法的都退出（教皇仍不变其主张，且处不从令的教士以破门之罚。教士传教中国者，遂不复能顺从中国人的习惯，此亦为中西隔阂之一因）。至1717年，碣石镇总兵陈昂说：“天主教在各省开堂聚众，广州城内外尤多，恐滋事端，请严旧例严禁。”许之。1723年，闽浙总督满保请除送京效力人员外，概行安置澳门；各省天主堂，一律改为公廨，亦许之。基督教自此遂被禁止传布，然其徒之秘密传布如故。
中国社会上，本有一种所谓邪教，其内容仅得之于传说，是十分离奇的（以此观之，知历来所谓邪教者的传说，亦必多诬蔑之辞），至此，遂将其都附会到基督教身上去；再加以后来战败的耻辱，因战败而准许传教，有以兵力强迫传布的嫌疑，遂伏下了几十年教案之根。至于通商，在当时从政治上看起来，并没有维持的必要。既有畏恶外人的心理，就禁绝了，也未为不可的。但这是从推理上立说，事实上，一件事情的措置，总是受有实力的人的意见支配的。当时的通商，虽于国计民生无大关系，而在官和商，则都是大利之所在，如何肯禁止？既以其为私利所在而保存之，自然对于外人，不肯不剥削，就伏下了后来五口通商的祸根。