敌人追到地窖，可下去一个，报销一个，连进10人都没了音讯。最后，敌人恼羞成怒，向地窖里施放了毒气。结果，吴瑞林中毒晕倒，并且腿部、腹部负重伤。
幸好，在战友们的援助下，他和警卫员突围出去，并离队养伤。
由此，他瘸了一只脚。
几个月后，他拄着双拐出任山东纵队第4支队第1团团长。
不久，他率部参加三战杨家横的战斗。在第三次战斗中，他又腿中炮弹负了重伤。这场战斗打得日军大队长因部队伤亡过重引咎自杀身死；但是，吴瑞林也落了个双腿痼疾，成了“瘸子”，但他依然率部转战在沂蒙山区，反“扫荡”，讨伐伪皇协军。
此时，正是鲁中抗日斗争最艰苦的阶段。1941年11月初，日军开始进行连续一个半月的“大扫荡”，并且围绕蒙山赶修了一条环蒙公路，在蒙山北麓及鲁中根据地的东侧，新设了一系列据点。为了打破敌人的封锁，12月，山东纵队第1旅在临蒙公路及环蒙公路展开了反“扫荡”，吴瑞林率团和其他兄弟部队一起，先后攻克了碾子峪、垛庄、崖子、界牌、朝仙桥等伪军据点，而后又接受了拔掉铜井据点的任务。