【政府和教会的冲突】法国旧教的教士对于共和政府向来仇视，因为共和党人的主张，如国民教育应由政府主持，不应归教会办理；出版、言论应该自由等，在旧教教士看来，都是足以危害教会权威的理论。不过法国的共和政府还是制定了一种公立学校制度，不许教士在这种学校中担任教师。至于教会所设的私立学校，则由政府进行严密的监督。后来由于各派修道士多反对这种种压迫教会的法律的实施，国会竟然更进一步地去关闭他们的学校，解散他们的团体。结果有许多男女修道士离开法国，逃避到别国去了。
【政教的分离】政府对付教会的严厉办法并不以此为止。原来按照1801年拿破仑和罗马教皇的协定，国内的主教由政府任命，所有教士的俸金亦由政府支给，因此法国的教士兼有官吏的性质，当然势力更加庞大。但是经过了一百年的时间，法国共和党人已经不肯相信教会中人所宣传的教义了，他们最终于1905年通过了一种政教分离的法律。此后政府对于教士不再负有支给俸金的责任，只不过把教堂和一切用具交给教士去自行处置罢了。同时为了惩罚违抗新法的教士，政府就把主教的住宅和神学院改为学校和医院。法国自中古时代以来权大位尊的旧教教会到此竟一落千丈，此后的教士就全靠教徒的捐助来维持他们的事业和生活了。