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到了陕西以后，孙传庭显然已看出“崇祯死局”是个死结，如果继续加饷—养兵—剿匪的套路，只会死得更快。他采取的是另一套做法：挑战潜规则。尽量不加重百姓负担，而寻求向富户豪门下手。
按照制度，明朝的卫所均实行军屯制，但到了明末，屯田已被权贵侵蚀殆尽，而士兵则只是花名册上吃空饷的一个个名字而已。
孙传庭不是第一个发现问题所在的人，但他是第一个发现问题而不装睡的人。他贴出告示，要求豪强权贵交出多占的屯田，“地不容失一亩，粮不容遗一粒”，拒不执行，则直接枭首示众。
据说，占屯田、吃空饷已从潜规则，变成了明规则，人人皆知，而人人见怪不怪。当地权贵面对孙传庭的来势汹汹，自信人性自有弱点：只要他是个人，不是机器人，就能花钱搞定，10万不够就100万，100万不够就1000万。他们此前或许已经搞定了无数巡抚，但没想到孙传庭真的是特殊材料制成的。权贵富户被孙传庭收拾得很惨，他们对孙传庭恨之入骨，以后则反扑过来加速了孙传庭悲剧的诞生。
孙传庭依靠清屯，最终养成了一支精锐的秦军。
他对自己的经验颇为自得，给崇祯上疏说，以后陕西剿匪、练兵，不必仰求国家财政部接济了。他是想让皇帝明白，打破潜规则，从权贵手中清屯，才能解开帝国沉沦的死循环。