有一天晚上睡觉的时间到了，父亲去房间里查看孩子们的就寝情况，发现小哥白尼不见了，这可吓坏了父亲，于是便发动家里的人到处去找。大家最后在花园里找到了他。只见小哥白尼猫着腰躲在玫瑰花丛中，脸上和手上划了许多道伤痕。父亲喊道：“哥白尼，你在干什么？”谁知哥白尼却用食指压在嘴唇上，神秘地说：“爸爸，别喊，我在和月亮捉迷藏呢。”父亲哭笑不得。稍大一些哥白尼上学认字了，他便开始到父亲的书房找有关天文的书看。他看了书爱提问题，父亲总是耐心地回答。小哥白尼这时就立志长大要成为一个天文学家。
10岁那年，不幸的事发生了。当时城里流行瘟疫，父亲因为经常出外做生意不幸染上了重病。家里人手足无措，便请神父来为父亲祈祷。神父穿着宽大的黑袍子，念念有词：“主啊，请宽恕他吧……”哥白尼感到很奇怪，便问神父：“我爸爸一直都是好人，有什么需要宽恕的呢？”“天空好比天庭，天主好比法官，每个人的命运都掌握在天主的手中，地上的每个人都有一颗星悬在天空，预示着吉凶……”尽管神父做了祈祷，父亲还是离开了人世。父亲去世后哥白尼很伤心，他总是一个人望着天空发呆，他对人们信仰的上帝产生了很大的疑问，暗暗下决心长大后一定要弄清天上的事情。